大文字と小文字、どちらがよいですか？

商標がアルファベット表記の場合、スペルが同じで大文字・小文字のみの違いであれば、

それらの商標は互いに類似すると判断される可能性が高いです。

そのため、大文字・小文字のいずれでもよく、最も使う態様を商標登録すれば大丈夫です。

下記の商標はどれでも権利的な違いはほとんどありません。
「Toreru」「toreru」「TORERU」