出願した商標と、実際に使用している商標が大文字・小文字で違う場合に早期審査は認められますか？

認められます。

その他にも、認められる場合、認められない場合の一覧です。

引用：https://www.jpo.go.jp/faq/yokuaru/trademark/document/shkouhou_q_a/example-doitsu.pdf