販売サイト上の住所と登記上の住所が違うのですが、商標出願はどちらの住所に合わせるべきですか？

出願は、法人登記上の住所でおこなうことが原則となっています。

法人登記上の住所での出願をお願いします。

ただし、登記上の住所に部屋番号の記載がない場合は、追加してご記入ください。

部屋番号の記載がないと特許庁からの郵便物が届かない可能性があります。